インボイス制度 “フェーズ2” 目前!免税事業者の備え完全ロードマップ。【2026年更新】

インボイス制度 “フェーズ2” 目前!免税事業者の備え完全ロードマップ 税金
今回はインボイス制度の経過措置が見直されたという事で、免税事業者からの仕入れ税額控除の割合が変わる2026年10月以降のお話になります。
免税事業者との取引がある方や、免税事業者として取引している方に読んでいただきたい記事になります。
事業者によっては、かなり大きな負担になり得ますのでしっかりシミュレーションしてもらいたいと思っています。

2026年10月からのインボイス制度

2026年10月以降、インボイス制度の経過措置は当初予定から見直され、免税事業者からの仕入に対する控除率は80% → 70%に縮小します。当初は50%へ下がる予定でしたが、2026年の税制改正で70%・50%・30%と段階的に引き下げられる形になりました。本記事では「登録/非登録」判断から業務フロー刷新まで7ステップで解説。読了後に“やること・費用・期限”が明確になることを目指します。

3行まとめ

  • 控除率 80% → 70%(2026/10/1〜)へ。50%への引き下げは2028/10/1〜
  • 契約条項・請求書フォーマットの整備は2026年10月までに再確認
  • 登録判断は 2割特例・3割特例+簡易課税を試算し“損益見える化”

インボイス制度の経過措置:控除率はこう変わる

インボイス制度・仕入控除率の推移
期間 控除率 解説
2023/10/1 ~ 2026/9/30 80% 免税仕入でも 8 割控除
2026/10/1 ~ 2028/9/30 70% 当初予定の50%から緩和。まずは7割控除
2028/10/1 ~ 2030/9/30 50% 5割控除へ縮小
2030/10/1 ~ 2031/9/30 30% 3割控除へ縮小
2031/10/1 以降 0% インボイスなし取引は控除不可

“免税事業者さん”との取引コストは当初より緩やかに増える形になりました。ただし、段階的に控除割合は下がるため、特にマージンの薄い卸売・システム下請け業は要注意です。

なお、同じインボイス発行事業者以外の相手先からの課税仕入れについて、その年または事業年度の合計額が税込1億円を超える場合、1億円を超える部分にはこの経過措置を適用できません。この制限は、2026年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。

一人親方やスキルマーケットの人は仕事が来なくなるケースは少ないと思うけど、そろそろ注意が必要かも。

準備① 取引条件&契約条項の総チェック

  • 単価再計算 — 2026年10月からは70%控除、2028年10月から50%控除、2030年10月から30%控除で試算。
    例:税込110万仕入 → 控除 8→7→5→3万と段階的に縮小。
  • 契約書/発注書 — 「消費税相当額は価格に含む」条項、インボイス不備時の価格調整条項を挿入。
  • 請求書フォーマット — 必須6項目+税区分欄を確認。後日登録切替に備える。

ちなみに、価格について免税事業者を理由に値下げされるようなら、下請法や独占禁止法違反となる可能性があります。納得できない値下げ交渉は反対してもいいと思います。ただ…それが出来るかというのは難しいですよね…。

準備② 登録判断を“数字”で可視化

ケース 選択肢 メリット デメリット
1 登録して課税事業者 取引継続が円滑。控除ゼロ化にも備えられる 消費税の申告・納税が発生
2 非登録を継続 納税ゼロ維持(超小規模向き) 値引き・取引停止リスク/控除70→50→30→0%

小規模事業者は2割特例(売上で預かった消費税×20%)で納税負担を抑えられます。“損益ライン”を確認してみましょう。数円ズレますが、税込売上×0.01818(1.818%)で2割特例の場合の消費税の納税額が計算できます。

※この特例は令和8年9月30日が属する申告分までです。その後、個人事業者については2027年分・2028年分の消費税申告で、納付税額を売上税額の3割にできる3割特例が設けられます。法人は3割特例の対象外です。2割特例適用可否フローチャート 国税庁

2割特例が終わった後も、個人事業者には3割特例という緩和措置があります。ただし負担は増えていくため、正確な試算については税理士などの専門家に依頼することをおススメします。

2割特例の後は、個人事業者なら3割特例も確認しておきたいところだね

リアルケース — 制作会社A社のビフォー/アフター

◆ Before(非登録のまま)

  • 年商 900 万円、仕入 420 万円(免税取引 80%)
  • 控除 80% → 336 万円計上

◆ After(登録+2割特例)

  • 2026年10月以降の仕入控除は 70% に縮小
  • 2割特例終了後は、個人事業者なら3割特例や簡易課税も含めて再試算

結果値下げ交渉を回避しつつ納税コストを最小化。

※これは課税事業者側の目線になります。

実行タイムライン — 2026年改正後のロードマップ(目安)

時期の目安 実施内容
2026年夏頃 取引先リストの作成、登録有無の再確認
2026年9月まで 単価見直し・契約条項の確認、請求書フォーマットの調整
2026年10月 70%控除への切替。会計処理・請求書管理の運用チェック
2027年〜2028年 個人事業者は3割特例、簡易課税への移行を検討
2028年10月以降 50%控除への切替。2030年10月の30%控除も見据えて価格・契約を再確認

ペースの目安になれば良いかなと思うよ

6. 準備③ ワークフローを“インボイス前提”に再設計

  • 📑クラウド会計+OCR — 紙請求→自動仕訳で入力80%削減
  • ⚠️例外管理 — 未登録先フラグ→値下げ交渉 or 登録促進
  • 💰補助金 — IT導入補助金〈インボイス枠〉最大2/3、小規模持続化+50万円
  • チェックリスト — 異常値・番号抜けを月次点検

7. よくある Q&A

売上1,000万円未満でも登録するべき? 課税取引先が主なら、2割特例・3割特例・簡易課税まで含めて登録の有利不利を試算。値引き要求や将来の控除ゼロ化にも備えられます。
インボイス番号ミスは? 修正インボイス再交付が必要。番号違いは控除不可リスク大、受領時即チェック。
電子取引は? 電子帳簿保存法対応クラウド請求システムでタイムスタンプ&検索性確保。

インボイス制度まとめ

— 2026年10月からは70%控除へ。負担増は段階的に

  • 🔻2026/10:控除70% → 2028/10に50%、2030/10に30%、2031/10以降は0%
  • 🔄単価見直し・登録判断・業務DXを2026年10月までに再確認
  • 🚀 税額試算→取引先ヒアリング→3割特例・簡易課税の確認 の3ステップで着手

繰り返しになりますが、税金が絡む試算は税理士等の専門家に依頼することをおススメします。

参考:国税庁「令和8年度 税制改正特集」、フリーランス協会ニュース「インボイス負担軽減措置の延長。2割特例から3割特例へ」

以上になります。

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