災害で被災した資産の経理・税務処理|法人向け解説

災害で被災した資産の経理・税務処理|法人向け解説 特別業務
法人の災害対応・経理実務

災害で会社の資産が壊れたときの経理・税務処理を、順番に解説

損失の計上・修繕費の判定・帳簿を失った場合まで|法人向け
地震・台風・水害で店舗や設備、商品が被害を受けたとき、経理担当者は「この費用はどこに計上するのか」「壊れた資産をどう処理するのか」という判断を短期間で求められます。

やっかいなのは、災害時には平時とは違うルールが用意されていることです。普段どおりに処理してしまうと、本来使えるはずの特例を取りこぼすことがあります。

この記事では、法人が災害で被害を受けたときの経理・税務処理を、実際に手を動かす順番に沿って整理します。個人事業主の方は制度が別体系になるため、記事末尾の関連記事もあわせてご覧ください。
1
まず押さえる:損金にできる3つの損失・費用
棚卸資産・固定資産の被害と、片づけにかかった費用

災害で被害を受けたとき、法人税の計算上まっさきに損金として扱えるものが3つあります。国税庁のタックスアンサーで明示されている類型です。

  • 資産が滅失・損壊した場合の損失
    商品や原材料などの棚卸資産、店舗や事務所などの固定資産が対象になります
  • 損壊した資産の取壊し・除去のための費用
    壊れた建物や設備を解体・撤去するのにかかった費用です
  • 土砂その他の障害物の除去のための費用
    流れ込んだ土砂やがれきの撤去費用が該当します

ポイントは、「壊れた資産そのものの損失」だけでなく、「片づけにかかった費用」も損金になるという点です。撤去費用は金額が大きくなりがちなので、請求書を確実に保管しておいてください。

被害の記録を残しておく
撤去してしまうと、後から「どれだけの被害だったか」を証明する手段がなくなります。片づけを始める前に、被害状況の写真を撮っておくことを強くおすすめします。り災証明書(罹災証明書)の申請でも役に立ちます。
壊れていなくても「評価損」を計上できる場合がある

滅失・損壊による損失とは別に、資産の評価損という選択肢もあります。棚卸資産、固定資産または一定の繰延資産について災害による著しい損傷が生じたことにより、その時価が帳簿価額を下回ることとなった場合、帳簿価額と時価との差額について損金経理をすることにより評価損を計上し、損金の額に算入できます。

評価損を計上すると、修繕費の特例から外れる
次のセクションで解説する修繕費の特例(通達7-8-6)は、その被害に基づき評価損を計上した資産を除くと定められています。つまり評価損を計上した資産は、その後の復旧費用について30%基準などの特例を使えません。どちらを選ぶかは連動しているため、順序立てて判断してください。
2
修繕費か資本的支出か:災害には専用ルールがある
平時の「20万円」「60万円」とは別の基準で判定する

修理にお金をかけたとき、経理担当者が毎回悩むのが「一括で経費(修繕費)にできるのか、資産計上(資本的支出)して減価償却するのか」という判定です。

ここで重要なのが、災害で被害を受けた資産には、平時とは別の判定ルールが用意されていることです。法人税基本通達7-8-6「災害の場合の資本的支出と修繕費の区分の特例」がそれにあたります。

対象は、災害により被害を受けた固定資産(その被害に基づき評価損を計上したものを除きます)で、これを「被災資産」と呼びます。前のセクションで触れたとおり、評価損を計上した資産はこの特例の対象外になる点に注意してください。

災害時の特例(通達7-8-6)
  • 原状回復のための支出は修繕費
    被災した資産を元の状態に戻すための費用は、修繕費になります
  • 被災前の効用を維持するための補強工事なども修繕費でOK
    補強工事・排水・土砂崩れの防止などのための支出について、修繕費とする経理をしているときは、その処理が認められます
  • 判断がつかないものは30%を修繕費にできる
    資本的支出か修繕費か明らかでないものは、その金額の30%相当額を修繕費、残額を資本的支出とする経理が認められます
平時の金額基準と混同しない
修繕費の判定でよく登場する「20万円未満」「60万円未満」といった金額基準は、平時のルール(通達7-8-3・7-8-4)です。災害の特例である7-8-6は、これらの平時の取扱いにかかわらず適用されるものなので、系統が違います。
なお、災害の特例に「30万円」という金額基準はありません。3つ目の30%は「金額のライン」ではなく「支出額の割合」の話です。ここは取り違えやすいので注意してください。

実務では、3つ目の30%基準が効いてきます。復旧工事は「元に戻す部分」と「ついでに良くする部分」が入り混じって、きれいに区分できないことが多いためです。区分が明らかでないときは、この特例を検討してください。

3
決算までに修理が終わらないとき:災害損失特別勘定
まだ支出していない修理費を、見積りで損金にできる仕組み

災害の被害が大きいと、決算日までに復旧工事が終わらないことがあります。このとき「まだ払っていないから今期の損金にできない」となると、被害を受けた事業年度の業績と実態が合わなくなってしまいます。

そこで用意されているのが災害損失特別勘定です。

  • 対象:災害のあった日から1年以内に支出する費用
  • 金額:その適正な見積額として、繰入限度額以下の金額
  • 要件:損金経理により繰り入れること

つまり、まだ実際には支出していない復旧費用でも、合理的に見積もった金額を当期の損金に算入できます。「1年以内に支出する分」という区切りと、帳簿上で費用として処理する(損金経理)ことが条件です。

見積りの根拠を残す
「適正な見積額」である必要があるため、工事業者からの見積書など、金額の根拠となる資料を必ず保管してください。根拠なく概算で計上すると、後の税務調査で問題になります。

もう一つ、忘れてはいけないのがその後の取崩しです。災害のあった日から1年を経過する日の属する事業年度において災害損失特別勘定の残額がある場合、その残額を取り崩して益金の額に算入することになります。使い切れなかった分は戻す、ということです。

✓ 修繕が遅れているときは延長できる場合がある
とはいえ、大規模な災害では1年で修繕が終わらないこともあります。やむを得ない事情により修繕等が遅れているときは、税務署長の確認を受けることにより、その修繕等が完了すると見込まれる日の属する事業年度まで、益金算入を延長することができるとされています。
ただしこれは税務署長の確認を前提とする手続です。「やむを得ない事情」に当たるかどうかは個別に判断されるため、自動的に延長されるものではありません。工期が延びそうな場合は、早めに税理士・所轄税務署にご相談ください。
4
赤字になったら:青色申告書を出せない年でも繰り越せる
10年繰越そのものは平時と同じ。特別なのは「青色でなくても使える」こと

災害による損失が大きく、その事業年度が赤字になった場合の取扱いです。ここは「何が平時と同じで、何が災害の特例なのか」を区別しないと意味を取り違えます。

繰越控除:年数ではなく「青色要件」が肝

まず前提として、欠損金を10年間繰り越せること自体は、災害に限った話ではありません。青色申告をしている法人であれば、平時の赤字でも10年繰り越せます。ここだけを見て「災害だから10年」と理解すると、特例の中身を取りこぼします。

災害の特例はここです。棚卸資産、固定資産等について災害により生じた損失に係る欠損金額(災害損失欠損金額)がある場合には、その損失の発生した事業年度が青色申告書を提出できない事業年度であっても、その金額に相当する額は、その事業年度から10年間(平成30年4月1日前に開始した事業年度にあっては9年間)にわたって繰り越して控除されます。

✓ 通常の繰越控除との違い
通常、欠損金の繰越控除は青色申告が前提です(法人税法57条)。ところが災害損失欠損金額については、その事業年度が青色申告書を提出できない事業年度であっても繰越しが認められます(法人税法58条)。
条文は「青色申告書を提出する事業年度でない事業年度」という状態を要件としており、そうなった理由については規定していません。自社が該当するかどうかは、事業年度ごとの申告の状況によって判断が分かれます。個別の事情がある場合は、必ず税理士または所轄税務署にご確認ください。
明細書の添付を忘れると使えない
この特例には手続要件があります。欠損金額の生じた事業年度の確定申告書・修正申告書・更正請求書に、災害損失金額の計算に関する明細を記載した書類を添付しなければなりません。添付がない場合、その事業年度の災害損失金額はないものとして扱われます(法人税法58条3項)。制度を知っていても、書類を付け忘れれば使えません。
「10年繰り越せる=全額引ける」ではない
繰越控除には損金算入限度額があります。原則として、その事業年度の所得金額の50%が限度です(法人税法57条1項ただし書き)。ただし中小法人等については全額を控除できる特例が設けられています。
自社がどちらに当たるか、また実際にいくら控除できるかは資本金の額や他の欠損金の有無によって変わります。金額の試算は税理士にご相談ください。
繰戻し還付:2つの「1年」を混同しない

繰戻し還付は、すでに納めた法人税を返してもらう制度です。条文には「1年」が2か所出てきますが、意味がまったく違います。ここは実務でも取り違えが起きやすい部分です。

  • ①いつ請求できるか(請求できる事業年度の範囲)
    災害のあった日から同日以後1年を経過する日までの間に終了する各事業年度、または災害のあった日から同日以後6か月を経過する日までの間に終了する中間期間に生じた災害損失欠損金額が対象です。確定申告書、または仮決算の中間申告書の提出と同時に請求します
  • ②どこまで遡れるか(還付の対象になる過去の事業年度)
    その災害損失欠損金額に係る事業年度または中間期間開始の日前1年(青色申告書を提出する場合には、前2年)以内に開始した事業年度の法人税額のうち、災害損失欠損金額に対応する部分の金額が還付されます
「1年以内に請求」と覚えると間違える
①は請求のタイミング、②は遡れる年数の話です。「災害から1年以内に請求すれば1年分戻る」ではありません。青色申告書を提出していれば、遡れるのは前2年分になります。ここは還付額が倍近く変わりうる分岐なので、自社がどちらに当たるかを必ず確認してください。
また、②の期間は「災害のあった日から」ではなく「欠損金額が生じた事業年度(中間期間)の開始の日から」遡って数えます。起点も違います。

中間期間が対象に含まれているのもポイントです。決算を待たずに仮決算の中間申告を行うことで、期の途中でも還付を請求できます。被災直後の資金繰りを考えると、この選択肢は覚えておく価値があります。

✓ 中小企業者以外でも使える
欠損金の繰戻し還付は、通常は中小企業者等以外の法人には適用されません(租税特別措置法66条の12)。ただし災害損失欠損金額がある場合はこの不適用の対象から除かれます。つまり大きな法人であっても、災害損失欠損金額については繰戻し還付を請求できます。
✓ 中間申告で所得税額の還付を受けられる場合も
災害のあった日から6か月を経過する日までに終了する中間期間において生じた災害損失金額(災害により棚卸資産等について生じた損失の額で一定のもの)がある場合、仮決算の中間申告において、その中間期間に課される所得税額で法人税額から控除しきれなかった金額について、災害損失金額を限度に還付を受けられます。
受取利息や配当から源泉徴収された所得税がある会社では、これも資金繰りの一助になります。

繰越控除は「これから先の黒字と相殺する」方法、繰戻し還付は「すでに納めた税金を返してもらう」方法です。資金繰りが厳しいときは、手元にお金が戻ってくる繰戻し還付の検討が優先になります。どちらが有利かはその後の業績見通しによるため、税理士に相談して判断してください。

5
帳簿・請求書を失ったら:消費税の仕入税額控除はどうなる
平時は極めて厳しいが、災害は数少ない例外

水害や火災で、帳簿や請求書そのものが失われることがあります。ここで問題になるのが消費税の仕入税額控除です。消費税では、帳簿および請求書等を保存していることが控除の要件になっているためです。

この保存要件は、実務上とても厳しく運用されています。過去の裁決例では、次のような判断が示されています。

「やむを得ない事情」が認められなかった例
  • 経営状況の悪化や廃業状態に追い込まれていたこと
  • 他の証拠資料から課税仕入れに係る支払対価を合理的に推認できる場合であっても、それだけでは要件を満たさない

つまり「帳簿がないなら控除は認めない」が原則です。そのなかで、災害は数少ない例外として条文に明記されています。消費税法30条7項のただし書きです。

✓ 消費税法30条7項ただし書き
「ただし、災害その他やむを得ない事情により、当該保存をすることができなかつたことを当該事業者において証明した場合は、この限りでない。」

国税庁は東日本大震災に関するFAQのなかで、震災により課税仕入れに係る帳簿書類を消失した場合はこの「災害その他やむを得ない事情により帳簿及び請求書等を保存できなかった場合」に該当し、帳簿及び請求書等の保存がない課税仕入れについても仕入税額控除は認められるとしています。

自動的に認められるわけではない
条文をよく読むと、「当該事業者において証明した場合」と書かれています。つまり、災害で失ったことを証明する責任は事業者側にあります。黙っていて認めてもらえる制度ではありません。
り災証明書を確保し、被害状況の写真や、どの書類がどこに保管されていて失われたのかを記録に残しておくことが実務上の鍵になります。
6
失った帳簿をどう復元するか
税務署の「申告書等閲覧サービス」も使える

控除が認められるとしても、申告書自体は作らなければなりません。国税庁は、帳簿書類を消失した場合には「可能な範囲で合理的な方法により申告書等を作成する」としています。具体的な手段は次のとおりです。

  • 取引の相手先に照会する
    取引内容を問い合わせて、請求書や納品書の再発行を依頼します
  • 金融機関に照会する
    通帳や取引履歴から、入出金の記録をたどります
  • 税務署の申告書等閲覧サービスを使う
    過去の申告書の控えを失った場合、このサービスを利用できます
✓ 申告書等閲覧サービスの災害時の特例
通常、このサービスは閲覧のみでコピーの交付は行われません。ただし災害で書類を消失した場合は、り災証明書などにより災害の事実を確認したうえで、申告書等の作成に必要な部分についてコピーの交付を行っているとされています。過去の申告書控えを失ったときの有力な選択肢です。
7
期限の延長には2つの経路がある
地域指定がなくても、申請すれば延長できる

申告・納付が期限に間に合わないとき、国税通則法11条により期限を延長できます。ここで多くの人が「自分の地域が対象かどうか」だけを見て諦めてしまいますが、経路は2つあります。

① 地域指定(国税通則法施行令3条1項)
  • 災害などの理由により、都道府県の全部または一部にわたり期限までに申告・納付ができないと認める場合
  • 国税庁長官が地域および期日を指定して期限を延長する
  • 指定された地域に納税地がある法人は、手続不要で指定された期日までに申告すればよい
② 個別指定(国税通則法施行令3条2項)
  • 地域指定がされている場合を除き、所轄の税務署長が納税者の申請により期日を指定して延長する
  • つまり地域指定の対象外でも、申請という選択肢がある
  • 災害などの理由がやんだ後相当の期間内に、期限内に申告できない理由を記載した書面で所轄税務署長に申請する
申請すれば必ず通るわけではない
個別指定は税務署長が申請を受けて判断する手続です。下に挙げるのは国税庁が示している例であり、これに当てはまれば自動的に認められるという保証ではありません。申請できる制度があるということを知ったうえで、自社の状況を税理士・所轄税務署にご相談ください。
✓ 「地域指定がないから無理」ではない
国税庁は、地域指定以外の地域にある法人が個別指定を申請できる例として、次のようなケースを挙げています。
  • 本社事務所が損害を受け、帳簿書類等の全部または一部が滅失する等、直接的な被害を受けたことにより申告等が困難な場合
  • 交通手段・通信手段の遮断や停電などのライフラインの遮断により申告等が困難な場合
  • 会計処理を行っていた事業所が被災し、帳簿書類の滅失や会計データの破損により決算が確定しない場合
  • 工場・支店等が被災し、合理的な損害見積額の計算に相当期間を要し決算が確定しない場合
  • 災害の影響により株主総会が開催できず、決算が確定しない場合
さらに、税理士側がライフラインの遮断や、預かった帳簿書類の滅失・データ破損によって関与先の申告を行えない場合も、個別指定の申請ができるとされています。

なお、地域指定による延長を受けたあとで、さらに災害その他やむを得ない理由により延長後の期限にも間に合わない場合は、申請により再延長を受けられます。いずれも「その理由のやんだ日から2か月以内」が限度です。

法人税法75条の延長とは利子税の扱いが違う
決算が確定しないことを理由とする法人税法75条の期限延長もありますが、こちらは延長期間について利子税を納付しなければなりません。一方、国税通則法11条による延長期間は利子税が免除されます。同じ「延長」でも負担が変わるため、どちらの規定によるものかを確認してください。
帳簿を失った場合の仕入税額控除とは別制度

前のセクションで解説した「帳簿を失った場合の仕入税額控除」は、この期限延長とはまったく別の制度です。地域リストで決まるものではなく、事業者ごとの個別の事情で判断されます(消費税法30条7項ただし書き)。混同しないでください。

帳簿を失ったまま申告期限が来たら
国税庁は、帳簿書類等が滅失した場合の申告について、前年度の所得計算の内容(決算書等)を参考にするなどして所得計算を行い、申告するとしています。前年度の決算書等は所轄の税務署で閲覧できます。
そのうえで、後から帳簿書類等が確認でき、正しい税額が算出できた場合には、更正の請求または修正申告により申告額を訂正します。「正確な数字が出せないから申告しない」ではなく、いったん合理的な方法で申告して後で直す、という順序です。
消費税の簡易課税にも特例がある

災害その他やむを得ない理由により被害を受けた事業者は、所轄税務署長の承認を受けることで、災害等の生じた日の属する課税期間から簡易課税制度の適用を受ける・やめることができます。通常は2年縛りがあるところを、災害時は動かせるという特例です。国税庁は適用例として次の2つを挙げています。

  • 災害等により事務処理能力が低下したため、簡易課税制度を適用して申告する必要が生じた場合
  • 災害等により棚卸資産その他の業務用資産に相当な損失を受け、緊急な設備投資等を行うため、簡易課税制度の適用をやめる必要が生じた場合
期限は2か月。しかも書類は2枚
承認を受けようとする事業者は、災害等のやんだ日から原則2か月以内に「災害等による消費税簡易課税制度選択(不適用)届出に係る特例承認申請書」を納税地の所轄税務署長に提出します。
このとき申請書と併せて、消費税簡易課税制度選択(不適用)届出書も提出する必要があります。申請書だけでは足りません。期間が短いので、該当しそうな場合は早めに動いてください。
8
実例:東日本大震災で期限延長はどうなったか
5県を指定し、最長で約4年にわたって延長された

地域指定の延長が実際にどう運用されるのか、東日本大震災の経緯が参考になります。制度の説明だけでは見えない「その後」がわかる事例です。

経過
  • 平成23年3月15日付 国税庁告示
    国税通則法11条・同法施行令3条1項に基づき、青森県・岩手県・宮城県・福島県・茨城県の5県について、同月11日以降に到来する国税に関する申告・納付等の期限を延長
  • その後
    各地域の復興等の状況を踏まえ、順次、期限延長措置を終了
  • 最後まで残った地域
    福島県の田村市、南相馬市、川俣町、広野町、楢葉町、富岡町、川内村、大熊町、双葉町、浪江町、葛尾村、飯舘村の12市町村
  • 平成26年3月31日
    当該12市町村における自主的な申告・納付の状況、地元自治体の意見等を踏まえ、期限延長措置を終了
✓ 終了後にも1年間の手続期間が設けられた
期限延長措置の終了により、12市町村の納税者が複数年分の申告・納付をしなければならなくなること等を考慮して、1年間の手続期間が設けられました。平成27年3月31日までに申告・納付等の手続を行えばよい、という扱いです。
さらに、同日までに申告・納付等をすることが困難な方については、個々の事情を踏まえ、更なる期限延長を行うこととされました。

ここから読み取れることが2つあります。1つは、地域指定は災害の規模によって年単位で続きうること。震災発生が平成23年3月で、最後の12市町村の終了が平成26年3月、手続期間を含めると平成27年3月までですから、約4年にわたりました。

もう1つは、終了時にも段階的な配慮が行われていることです。「期限延長が終わった瞬間に全部まとめて申告」ではなく、手続期間が設けられ、なお困難な場合は個別に延長する運用になっていました。

過去の事例がそのまま次に適用されるわけではない
東日本大震災の対応は、被害の規模と長期避難という事情を踏まえた個別の判断です。同じ扱いが他の災害でも行われるとは限りません。実際の災害では、その都度出される国税庁の告示・お知らせを確認してください。ここでは「地域指定の延長がどのように始まり、どう終わるか」の一例として紹介しています。
9
起きる前にできること
帳簿を失わなければ、そもそもこの章は不要になる

ここまで「失った場合」の話をしてきましたが、失わずに済むならそれが一番です。災害時の特例は救済措置であって、証明の手間も交渉のリスクも事業者側が負うことになります。

  • 会計データをクラウドに置く
    事務所のPCやサーバーだけに置いていると、建物ごと被害を受けたときに同時に失われます
  • 紙の証憑をスキャンして保存する
    電子帳簿保存法の要件を満たす形で電子化しておけば、原本を失っても対応できます
  • バックアップを別の場所に持つ
    同じ建物内のバックアップは、災害時には意味をなさないことがあります
  • り災証明書の申請手順を知っておく
    災害時の税務手続きの多くで、被害の証明が起点になります

災害対応の経理は、起きてから調べ始めると間に合いません。平時のうちに、自社の帳簿がどこにあるか、それが失われたらどうなるかを一度確認しておくことをおすすめします。

まとめ:災害時は「平時と違うルール」を使う
POINT 01
損失+片づけ費用
→ 撤去・土砂除去の費用も損金になる
POINT 02
修繕費は専用ルール
→ 原状回復は修繕費。不明分は30%
POINT 03
決算に間に合わなくても
→ 災害損失特別勘定で見積計上
POINT 04
青色でなくても10年繰越
→ ただし明細書の添付が必須
POINT 05
帳簿を失っても控除可
→ ただし証明責任は事業者側
POINT 06
期限延長は2経路
→ 地域指定がなくても申請できる

災害時の税務は、平時のルールをそのまま当てはめると特例を取りこぼします。とくに修繕費の判定は、平時の金額基準とは別系統の特例が用意されている点に注意してください。

そして期限の延長は、地域指定がなくても個別指定で受けられます。「うちの地域は告示に入っていないから」と諦めず、帳簿の滅失やライフラインの遮断で申告が困難なら、所轄税務署長への申請を検討してください。

そして、帳簿を失った場合の救済は「証明できれば」という条件つきです。被害状況の写真とり災証明書は、復旧作業を始める前に確保しておいてください。

災害時の経理処理、判断に迷っていませんか?

「この費用は修繕費でいいのか」「帳簿を失ったが申告をどう進めるか」——災害時の処理は判断に迷う場面が多く、しかも時間の余裕がありません。税理士事務所での実務経験をもとに、状況に合わせたご相談を承っています。

ココナラの出品サービスもありますので、そちらもご活用ください。

お金の悩みやそれにまつわる疑問や相談お受けします 説得力や信頼性が高まる知識をあなたに。
この記事は、2026年7月時点の法令・国税庁の公表情報をもとに、経理実務・税理士事務所での勤務経験をふまえて中小企業(法人)向けに一般的な内容を解説しています。主な根拠は、法人税法22条・33条・58条・72条・78条・80条、法人税基本通達7-8-6、国税通則法11条・同法施行令3条、消費税法30条7項・37条の2、およびタックスアンサーNo.8009(令和7年4月1日現在法令等)・No.8017・No.6632、「災害に関する法人税、消費税及び源泉所得税の取扱いFAQ」です。
本文で紹介した東日本大震災の期限延長の経緯は、国税庁「福島県下12市町村に係る国税の申告・納付等の期限延長措置の終了について」(平成26年1月31日)によるものです。同様の措置が他の災害でも行われるとは限りません。
個々の適用可否は事実関係によって判断が分かれ、また災害の規模によっては個別の立法措置や告示が行われる場合があります。実際の処理にあたっては、必ず最新の国税庁の公表情報を確認のうえ、税理士にご相談ください。
タイトルとURLをコピーしました